বৃহস্পতিবার বেলা পৌনে ১টার দিকে তার মৃত্যু হয়। এর আগে দুপুর ১২টার দিকে তাকে হাসপাতালে ভর্তি করা হয়।
জানা যায়, সকাল ১০টার দিকে বাবুনগরী অসুস্থ হয়ে পড়েন। এরপর অ্যাম্বুলেন্সে তাকে হাসপাতালে নেয়া হয়। বাবুনগরী হৃদরোগ, কিডনি জটিলতা, ডায়াবেটিস ও উচ্চ রক্তচাপে ভুগছিলেন। জুনাইদ বাবুনগরীর বয়স হয়েছিল ৭০ বছর।
২০২০ সালে হেফাজতের আমির হন জুনায়েদ বাবুনগরী। এর আগে তিনি এই সংগঠনের মহাসচিব পদে ছিলেন। এ ছাড়া তিনি চট্টগ্রামের মঈনুল ইসলাম হাটহাজারী মাদ্রাসার শিক্ষা পরিচালক ছিলেন।